言語の違いと、他に用意しているコースの違いがございます。
どちらのコースも扱う内容・課題は同様で、実現できることに差はございません。
社内で、すでにどちらかのフレームワークを使用していれば、そちらに合わせることをおすすめします。
ただ、プログラミングの難易度はPyTorchコースの方が少し高くなっております。
そして弊社では画像特化・自然言語特化コースという次のレベルもPyTorchコースではご用意しております。（昨今ユーザ数が増加しニーズがあるため。）
・プログラミングに全く自信がない、もしくは今後発展した内容までプログラミングを行わないのであればTensorFlowコース
・プログラミングを頑張ってみたい、もしくは今後エンジニアとして発展内容まで扱っていくのであればPyTorchコース
をお選びください。